Ajakaiye sinh năm 1940 tại thành phố Jos, thủ phủ của bang Plateau ở Nigeria. Bà là con thứ năm trong sáu đứa con. Cha mẹ bà tin tưởng vào giáo dục bình đẳng về giới tính và công việc gia đình được phân công ở cả trẻ em nam và nữ. Năm 1962, bà tốt nghiệp Đại học Ibadan với một tấm bằng về vật lý. Bà nhận bằng thạc sĩ tại Đại học Birmingham ở Anh và vào năm 1970 nhận bằng Tiến sĩ trong lĩnh vực địa vật lý từ Đại học Ahmadu Bello ở Nigeria. Mặc dù ban đầu quan tâm đến toán học nhưng Ajakaiye nói rằng bà đã chọn theo đuổi địa vật lý vì bà tin rằng nó có thể giúp đất nước của mình.[1]